NAJAZDY I ZNISZCZENIA
Po śmierci króla Stefana Batorego doszło do wojny domowej pomiędzy zwolennikami kandydatury Zygmunta III Wazy, a poplecznikami arcyksięcia Maksymialiana Habsburga. Skutkiem tych tarć zbrojnych było oblężenie Krakowa przez Austriaków. Przedmieście Garbary, na którym stał kościół OO. Karmelitów zamieszkałe było głównie przez ludność niemiecką, sympatyzującą z Habsburgiem. Polska piechota proaustriacka (24 listopada 1587 r.) przedarła się przez ogrody karmelitańskie, po czym wdała się w walkę z wojskiem Zamoyskiego, trzymającym stronę Wazów. Około 50-ciu zdradzieckich garbarzy ukryło się wtedy w kościele. Wyrzuceni przez zakonników znaleźli karę wśród rozjuszonego tłumu. Rzeczka Rudawa, płynąca wtedy obok kościoła, pełna była trupów, „..iż ryby upiwszy się krwie zdychały”, a w ogrodzie klasztornym „trup na trupie leżał”. W nocy (26 listopada) podpalono w obawie nowego napadu sił prohabsburskich, kilka domków na Garbarach. Przyszedł silny wiatr, rozniecając ogień, który o mało całego miasta nie pochłonął. Wojsko broniące murów od żaru uciekło, szczęśliwie nie wybuchnęła baszta szewska, w której był magazyn prochu. Ogień postępował, jak pisze ks. Krzysztof Zelner „..począwszy od kamiennego młyna, aż do wislney bramy. Kołem ogień był tak ciężki, że iuż i w mieście na kilkanaście mieyscach się zaymowało /…/. Lecz tak miły a wdzięczny deszcz był od Pana Boga zesłany, który nas obronił, że w mieście żadna szkoda się znaczna nie stała /…/ pogorzał też zaraz i kościół Nayświęt. Panny na Garbarach, i szczyt się obalił, który urwał część sklepu kościelnego”, czyli spowodował zawalenie sklepienia. Szybko przystąpiono do likwidacji skutków zawieruchy i pożogi. W 1588 r. odbudowano dach kościoła, co finansował teolog, profesor Akademii Krakowskiej, Roch z Poznania. Nie poskąpiła też ofiar królowa – wdowa Anna Jagiellonka. Równocześnie podnoszono z gruzów klasztor.
Nastał potop szwedzki. We wrześniu 1655 r. wojska Karola Gustawa podeszły pod Kraków broniony przez Stefana Czarnieckiego, który podjął decyzję, żeby spalić przedmieścia. Należało nie dopuścić, by zabudowania poza murami dały schronienie wrogowi. Wtedy to „do pożarcia od ogniów Piaskowego kościoła z klasztorem sposobność była wszelka, a obrony przeciw temu żadnej”. Ogień trawił kościół nieubłaganie. Tradycja przekazała opowiadanie z tamtych czasów, że podczas pożogi ukazała się Maria Panna i płaszczem swym „pilno zasłaniała” sanktuarium na Piasku.
Z rozkazu Czarnieckiego studenci Akademii Krakowskiej potajemnie wyruszyli w stronę klasztoru na Piasku, chcąc ratować zamurowane tam skarby kościoła OO. Karmelitów z Lublina, z Czernej i ze Lwowa oraz wiele kosztowności SS. Norbertanek ze Zwierzyńca. Ta wyprawa zakończyła się sukcesem. W październiku tego roku Szwedzi zatoczyli na gruzy kościoła Karmelitów działa oblężnicze, skąd ostrzeliwano Kraków przez tydzień. Rządy w mieście przejął w styczniu 1656 r. generał Paweł Wirtz. W obawie przed odwetem Polaków polecił zniszczyć na przedmieściach to co dotychczas ocalało. Zwołano ze wszech stron miasta przymusową siłę roboczą. Przystąpiono do ruinowania murów kościelnych, budynków klasztornych i cudownej kaplicy. Do tego celu używano specjalnie skonstruowanych taranów. Świadek z epoki – Wespazjan Kochowski pisze, „..kiedy przysłani przez Wirtza kamieniarze i kopacze burzyli mury kaplicy, wskutek działania jakiejś tajemnej siły nie można było zburzyć ściany, na której był obraz i z Woli Bożej robotnicy nie zdołali wykonać danego im polecenia”. Z kolei zapiski dobrze poinformowanego ks. Stefana Ranotowicza podają, że wróg „Obalił kościoły na przedmieściach z gruntu, które były jeszcze nie dogorzały, jako św. Floriana, Najśw. Panny na Piasku i tam u niego mieszczanie krakowscy uprosili tę ścianę, na której jest obraz Najśw. Panny malowany cudowny i tę ścianę jako mogli podparli tarcicami”. Po potopie szwedzkim sanktuarium odbudowano.
Największe dni trwogi dla klasztoru, w XVIII w. przypadły na czas trwania konfederacji barskiej. Przeorem klasztoru był wtedy O. Marian Poradowski. Zachowała się malownicza relacja z tamtego czasu, pióra brata zakonnego Izydora Mastalskiego, który wspominał, że sprawował „rządy nad kaplicą Błogosławionego Frankusa” i dalej notował „Dopiero było wiedzieć jak Sądny Dzień, kiedy tak wielkie przedmieście ogniem pałały, że miasto jak w ogródku stało, tożsamo i rzecz kościół z klasztorem. Tak wielki ogień był koło klasztoru, że wszystkie okna popryskały i byłby się nie utrzymał, gdyby nie ludzie, którzy się na ten czas byli zgromadzili ze wszystkich przedmieściów /…/. Widzieć było jako mężczyzna po dachach siedziała, broniąc kościoła z klasztorem, a niewiasty wody dodawały. Nie było natenczas klauzury w tak strasznym przypadku, ponieważ się lud wielki zgromadził, tak, że nie było takiego kąta, gdzieby ludzi nie było : po celach, po kościele, w zakrystyi, w brackiej kaplicy, w browarze, po spichlerzach, w ogrodzie, ganki w koło. Samych niewiast, dzieci, kolebek, pościeli, skrzynek, tak gęsto, że tylko, że tylko uliczka mała miedzy ludźmi była, że ledwie jeden człek mógł przejść środkiem i że się sami Moskale dziwowali, co to za księża, że tyle ludzi mają, a to było przed dobyciem miasta, bo się tu Moskale wkradli tyłami w nocy i tu armaty na cmentarz sprowadzili”. Ów reportaż z epoki znaleziono za jednym z obrazów klasztornych.