BAROKOWA BUDOWLA
Fala nieszczęść dla gotyckiego kościoła rozpoczęła się od najazdu Maksymiliana (1587 r.). Zniszczony kościół odremontowano. Bryła zachowała charakter średniowieczny, ale w części musiała ulec wzorcom epoki. Znany jest wygląd kościoła z panoramicznych widoków Krakowa (z XVII w.). Po odbudowie więc budowla złożona była z czteroprzęsłowego korpusu i jednoprzęsłowego prezbiterium. Dwuspadzisty dach posiadał dużą sześcioboczną sygnaturkę. Po prawej stronie fasady znajdowała się niziutka wieża, wtopiona w bryłę budynku. Fasadę dzieliły trzy okna i trzy płyciny, a jej górne partie zamykał trójkątny, schodkowy szczyt. W środku znajdowało się, szerokie, arkadowe wejście. Ten kościół zburzono ostatecznie podczas potopu szwedzkiego, w maju 1656 r. Dwa lata po tej ruinacji myślano o odbudowie, trwała – dwadzieścia trzy lata.
W 1673 r. kościół przykryto już dachem, chociaż wewnątrz nie zrobiono jeszcze sklepienia. Dopiero 23 kwietnia 1679 r. biskup sufragan Mikołaj Oborski dokonał konsekracji kościoła. Wygląd, tej trzeciej z rzędu świątyni zasadniczo przypominał dzisiejszą budowlę. Jedna z grafik, pochodząca z czasów Jana III Sobieskiego, przedstawia od strony fasady niską kruchtę z daszkiem pulpitowym. Natomiast do bocznej elewacji przylegała wtopiona – cylindryczna wieża, zwężająca się ku górze. Za prezbiterium zaś postawiono dwie, schodkowo piętrzące się wieże.
Obecna, trzynawowa bazylika z prezbiterium, nie posiadająca nawy poprzecznej, reprezentuje styl barokowy. Oryginalność bryły polega na tym, że prezbiterium swoją długością równe jest nawom. Elewację boczną z jednej strony całkowicie zasłania klasztor, z drugiej dwie kaplice. Od strony prezbiterium dobudowane są dwie wieże przykryte w XIX w. ostrosłupowymi daszkami.
Wizytówką stylu świątyni zazwyczj bywa fasada. A u krakowskich Karmelitów jest ona wybitnie barokowa. Może trudno zaliczyć ją do sztandarowych wytworów architektury krajowej, ale trzeba przyznać, iż nawiązuje ona do czołowego przykładu, kościoła jezuickiego del Gesu w Rzymie. Za bezpośredni wzór, zdaniem Władysława Włodarczyka, posłużyła fasada krakowskiego kościoła Zwiastowania N.M.P. i św. Łazarza, należącego dawniej do OO. Karmelitów Bosych na Wesołej. Fasada pod wzgędem podziałów architektonicznych jest dwukondygnacyjna, rozgraniczona architrawem i gzymsem zdobionym motywem kostkowym. Dolne lico fasady dzielą pasy gładkich pilastrów z toskańskimi kapitelami. Górna część fasady posiada przy dolnej krawędzi gładki pas – cokół, będący „lustrzanym odbiciem” architrawu. Ta wyższa kondygnacja zamknięta jest po bokach obeliskami, jakże popularnymi w dobie baroku. Przechodząc w partie szczytowe ulega zwężeniu, co optycznie podkreślają uproszczone woluty, bez skrętów. Szczyt wieńczy przyczółek z okrągłym okienkiem. Na osi budynku pojawiło się okno z arkadowo zamkniętym ościeżem, co dodatkowo podkreśla nad nim półokrągły przyczółek, dzwigany przez dwa delikatne pilasterki. W nim napis przypominający o renowacji zakończonej w 1939 r.
Do kościoła prowadzą trzy wejścia przy głównej elewacji. Środkowe ujęte jest przez dwie kolumny. Posiada przerwany półokrąły przyczółek wypełnioniony barokowym kartuszem z herbem Karmelitów. Boczne wejścia w odbiorze ogólnym są bardziej skromne, a ich podobne – półokrągłe – przerwane przyczółki zdobią hierogramy: znaki N.M.P. i Chrystusa w tarczach herbowych. Rzeźbiarskim dopełnieniem dekoracji fasady są trzy rzeźby ustawione w płytkich niszach. W środku figura Najświętszej Marii Panny, a po bokach dwaj święci karmelitańscy. Ukształtowanie fasady w obecnym kształcie należy łączyć z przebudową po potopie szwedzkim, zakończoną w 1679 r. Fasada była restaurowana w 1859 r. dzięki staraniom przora O. Ludwika Zielińskiego:”..c.k. władza obwodowa krakowska nazała składkę parafialną na reperację kościoła piaskowego iakby parafialnego, z której odświeżono facyatę”. Dalej posunięte przedsięwzięcie przypadło na 1889 r. Wtedy m.in. odkuto na nowo trzy rzeźby z fasady, czego dokonał rzeźbiarz Józef Kulesza (specjalista od nagrobków i epitafów), tynki zaś poprawiał inny z zawodu mistrz dłuta, Władysław Eliasz. W czasach prowincjała „Hiszpana”, podczas renowacji z 1929 r., nie pominięto fasady.
Jedynym w swoim rodzaju, bodaj najbardziej charakterystycznym elementem z zewnątrz kościoła jest tzw. „Ogrojec”. Umieszczony w dużej i głębokiej niszy, przy prawej elewacji budynku. Wnękę ujmują filary dodatkowo ozdobione stiukami, które zawierają oprócz detali czysto zdobniczych, symbole odnoszące się do Ukrzyżowania (tzw. arma Christi). Wewnątrz trzy rzeźby : Chrystus na krzyżu oraz dobry i zły łotr. Według przypuszczeń (J. Żarnecki) rzeźba krucyfiksu zdradza podobieństwo do Ukrzyżowania bernardyńskiego w Krakowie. Szeroka perspektywa Golgoty karmelitańskiej pozwoliła (K. Bąkowskiemu) przypuścić, iż pierwotnie grupa Ukrzyżowania była bardziej rozbudowana. Przy krzyżu początkowo mogła być ustawiona rzeźba : Matki Boskiej, św. Jana Ewangelisty, być może jeszcze św. Marii Magdaleny czy nawet św. Longina. W tle namalowano w 1937 r. widok Jerozolimy, według szkicu Józefa Mehoffera. Niszę ograniczającą ogrodzeniowe balustrady tralkowe, charakterystyczne dla XVIII w., dawniej poprzedzał jeszcze kamienny klęcznik, potem przeniesiony przed kaplicę Piaskową. Datę 1887 (na bruku) odnieść trzeba do prac konserwatorskich.
Trójnawowe wnętrze charakteryzuje się rozległością i wysmukłością. Ściany podzielone są pilastrami zakończonymi jońskimi kapitelami. Przestrzeń wewnętrzną zamykają do góry sklepienia kolebkowe, w prezbiterium z lunetami. Światło wpada do wnętrza przez szerokie, barokowe okna, wypełnione witrażami (projektu Zofii Leśniak z 1930 r.), z tondami świętych. Filary i gurty arkad ozdobiono kamiennymi wykładzinami. Podział poziomy utworzył w nawie gzyms z motywem kostkowym. Słowem Franciszka Kleina :”..system wnętrza jest niemal ten sam, co u św. Piotra [w Krakowie], z tą jedynie różnicą, że u Karmelitów występują pojedyncze pilastry, a nie podwójne, jak w jezuickiej świątyni. Poza tem wpływ św. Piotra odbił się również w dużej smukłości i strzelistości linii i proporcji.”.
Budynek barokowego kościoła wielokrotnie remonowano. Pod koniec XVIII w. rozeszła się po Krakowie wieść, że rychło zabierać będą z kościołów kosztowności i srebra. Słysząc to : „..duchowieństwo, pośpieszyli się, srebra z ołtarzów pozbierali, potopili, a za te pieniądze kościoły poreperowali. I nasi OO. pół kościoła miedzią obili, to kosztowało 40.000; mogliby i cały kościół obić, bo było kilka kamieni srebra, ale zgody między nimi nie było” – pisał jeden Karmelita w Krakowie.
Najbardziej decydujące o dzisiejszym wyglądzie wnętrza kościelnego były prace konserwatorsko – remontowe, przeprowadzone z inicjatywy O. Jana Elizeusza Sanchez – Paredesa w latach 1929 -1939. Odsłonięto wtedy kamienne pilastry z kapitelami, odkryto część siedemnastowiecznych fresków w nawach bocznych (odnowione przez M. Gąseckiego i M. Przebindowskiego). Nad sprawami architektonicznymi czuwał Franciszek Mączyński. Dla unowocześnienia wnętrza uszczuplono ilość sprzętów.